FC東京の前身である東京ガスフットボールクラブは1935年に創部。東京都リーグが舞台だったチームは、1986年に関東リーグに昇格すると、初年度から4位の好成績をおさめた。1991年には全国地域リーグ決勝大会で優勝を飾り、JSL2部へ昇格。1992年からJFLに加わり、1993年のJリーグ発足を横目に見ながら、1995年以降はJFLでも常に上位をキープするようになる。1997年の天皇杯ではJリーグ勢を3連破して準決勝に進出する躍進を果たし、JFL最後のシーズンとなった1998年には念願の初優勝を飾った。

チーム名を「FC東京」と改称し、Jリーグ2部（J2）に参入して戦った1999年は、初参加したヤマザキナビスコカップでJ1チームを3連破しベスト4に進出し、佐藤由紀彦がニューヒーロー賞を獲得。一方リーグ戦では終盤に苦戦しながらも2位に入り、Jリーグ1部（J1）昇格を決めた。

J1に昇格した2000年は1stステージで開幕から3連勝し6位に、2ndステージでも開幕5連勝を成し遂げ8位（年間7位）になるなど「東京旋風」を巻き起こした。翌2001年はホームとなる東京スタジアム（現・味の素スタジアム）が開業し、3月10日のこけら落としではヴェルディに勝利。その後も1stステージ9位、2ndステージ8位（年間8位）と中位をキープし、2年目にしてJ1での確固たる地位を築いた。またシーズン終了後、7年間チームの指揮を執った大熊清監督が退任し、2002年シーズンより原博実氏が監督に就任。チームは大熊前監督が築き上げた「最後まで諦めない粘り強さ」、「常に全力発揮の精神」をベースに、原新監督が掲げる「攻撃サッカー」で、新しいステージに突入した。

2002年は主力選手の負傷が相次ぎ1stステージは10位と低迷したが、2ndステージでは若手の成長・活躍もあって5位（年間9位）になるなど、原監督の目指す攻撃サッカーが徐々に浸透。2003年は延長戦廃止に伴い「90分間、攻撃サッカー」というスローガンを掲げ、1stステージは最少失点で過去最高の4位になると、続く2ndステージでは最後まで優勝争いに絡み、最多得点で5位に。年間順位も過去最高の4位となった。シーズン終了後には、12年間チームの中心として貢献してきた「キング・オブ・トーキョー」アマラオがチームを離れることになり、一つの歴史が幕を閉じた。

2004年、スローガン「攻激、攻劇、攻撃サッカー」の通り、これまで以上に攻撃的な姿勢を打ち出したが、ドイツW杯予選やアテネ五輪への代表選手派遣などもあり戦力が揃わず、J1リーグ戦は年間8位（1stステージ6位、2ndステージ10位）と、決して満足のいく結果ではなかった。しかし、ヤマザキナビスコカップではチームが一丸となり決勝に進出。前半に退場者を出すも、延長戦までの120分間を耐え、PK戦で浦和レッズに勝利。念願のクラブ初タイトルを獲得した。

2005年はリーグが1ステージ制に変更。「攻めて取る。攻めて獲る」を掲げ、開幕から4節まで首位に立ったが、5節以降は1分けをはさんで7連敗。最終的には10位という結果となり、シーズン終了後には4年間指揮を執った原監督の退任が発表された。2006年にはクラブ初の外国籍監督アレッシャンドレ ガーロ氏が就任し、「Ousadia～信頼・勇気・挑戦～」というスローガンのもとで、新たな戦い方で臨んだが、ドイツW杯をはさみ中断期間が長い変則日程のなかチームの調子は上がらず、8月にガーロ監督を解任。第18節からFC東京U-18監督であった倉又寿雄氏にトップチームの指揮を託したが、第20節からの6連敗などもあり過去最低の13位に終わった。巻き返しを図りたい2007年、再び原博実監督を迎えて「It's Our Time～青き疾風、赤い怒涛～」をスローガンに掲げて臨んだが、リーグ開幕戦に敗れるとその後も負けが先行する苦しい戦いが続いた。新加入のワンチョペ（元コスタリカ代表）は第11節までで2得点をあげるも思うような結果を残せず、6月終了時点でチームを離れることとなった。シーズンを通して波に乗り切れぬまま、J1リーグ戦は12位で2007シーズンを終了した。