O antecessor do FC Tokyo, o Tokyo Gas Football Club, foi fundado em 1935. O time, que atuava na Liga de Tóquio, foi promovido para a Liga Kanto em 1986, alcançando um excelente 4º lugar já no primeiro ano. Em 1991, conquistou o título do Torneio Final das Ligas Regionais Nacionais e foi promovido para a JSL Segunda Divisão. A partir de 1992, juntou-se à JFL e, enquanto observava o início da J-League em 1993, a partir de 1995 manteve-se constantemente entre os melhores na JFL. Na Copa Imperador de 1997, avançou para as semifinais após derrotar três times da J-League consecutivamente, e na última temporada da JFL em 1998, conquistou seu tão desejado primeiro título.

Em 1999, ano em que o nome da equipe foi alterado para "FC Tokyo" e entrou para a J-League Segunda Divisão (J2), o time participou pela primeira vez da Copa Yamazaki Nabisco, onde derrotou três times da J1 consecutivamente e avançou para as semifinais, com Yukihiko SATO recebendo o prêmio de Novo Herói. Por outro lado, na liga, apesar das dificuldades no final da temporada, a equipe terminou em segundo lugar e garantiu a promoção para a J-League Primeira Divisão (J1).

No ano 2000, quando foi promovido à J1, o time iniciou o 1º estágio com três vitórias consecutivas, alcançando o 6º lugar, e no 2º estágio também conquistou cinco vitórias seguidas desde o início, terminando em 8º lugar (7º no ranking anual), causando a "Tempestade de Tóquio". No ano seguinte, 2001, o estádio em casa, o Tokyo Stadium (atual Ajinomoto Stadium), foi inaugurado, e na cerimônia de abertura em 10 de março, venceu o Verdy. Depois disso, manteve-se na posição intermediária, ficando em 9º no 1º estágio e 8º no 2º estágio (8º no ranking anual), consolidando uma posição firme na J1 já no segundo ano. Além disso, ao final da temporada, o técnico Kiyoshi OKUMA, que comandou a equipe por sete anos, deixou o cargo, e a partir da temporada de 2002, Hiromi HARA assumiu como treinador. A equipe entrou em uma nova fase baseada na "persistência de não desistir até o fim" e no "espírito de sempre dar o máximo", construídos pelo ex-técnico OKUMA, e com o novo técnico HARA adotando o "futebol ofensivo".

Em 2002, devido a várias lesões dos jogadores principais, o time teve um desempenho fraco, terminando em 10º lugar no 1º estágio, mas no 2º estágio, com o crescimento e o destaque dos jovens jogadores, alcançou o 5º lugar (9º no ranking anual), mostrando que o futebol ofensivo idealizado pelo técnico Hara estava gradualmente se consolidando. Em 2003, com a eliminação das prorrogações, adotou o slogan "90 minutos de futebol ofensivo", terminando o 1º estágio em 4º lugar, seu melhor resultado até então, com a menor quantidade de gols sofridos, e no 2º estágio, brigou pelo título até o fim, ficando em 5º lugar com o maior número de gols marcados. A classificação anual também foi a melhor da história, em 4º lugar. Ao final da temporada, Amaral, conhecido como o "Rei de Tóquio" e que havia sido o pilar da equipe por 12 anos, deixou o time, encerrando um capítulo da história.

Em 2004, conforme o slogan "Ataque Intenso, Drama do Ataque, Futebol Ofensivo", a equipe adotou uma postura ainda mais ofensiva, mas devido à convocação de jogadores para as eliminatórias da Copa do Mundo da Alemanha e para as Olimpíadas de Atenas, o time não conseguiu reunir todo o seu potencial, terminando o campeonato J1 na 8ª posição geral (6º no 1º estágio, 10º no 2º estágio), um resultado que não foi satisfatório. No entanto, na Copa Yamazaki Nabisco, o time se uniu e avançou até a final. Apesar de ter um jogador expulso no primeiro tempo, resistiu durante os 120 minutos da prorrogação e venceu o Urawa Reds na disputa de pênaltis, conquistando o tão desejado primeiro título do clube.

Em 2005, o formato da liga mudou para um sistema de uma fase. Com o lema "Atacar para conquistar. Atacar para vencer", o time liderou até a 4ª rodada, mas a partir da 5ª rodada, após um empate, sofreu sete derrotas consecutivas. No final, terminou em 10º lugar, e após o término da temporada foi anunciado que o técnico Hiromi HARA, que comandou a equipe por quatro anos, deixaria o cargo. Em 2006, o clube contratou seu primeiro técnico estrangeiro, Alexandre GALLO, que assumiu sob o lema "Ousadia – Confiança, Coragem, Desafio" e adotou uma nova forma de jogar. No entanto, devido ao longo período de paralisação causado pela Copa do Mundo da Alemanha e ao calendário irregular, o desempenho da equipe não melhorou, e em agosto GALLO foi demitido. A partir da 18ª rodada, Hisao KURAMATA, que era técnico do FC Tokyo U-18, assumiu o comando da equipe principal, mas a equipe terminou na pior colocação da história, em 13º lugar, incluindo uma sequência de seis derrotas a partir da 20ª rodada. Em 2007, buscando a recuperação, Hiromi HARA retornou como técnico e adotou o lema "It's Our Time – Vento Azul, Fúria Vermelha". Contudo, após a derrota na partida de abertura da liga, a equipe continuou enfrentando dificuldades com mais derrotas. O recém-contratado Wanchope (ex-jogador da seleção da Costa Rica) marcou dois gols até a 11ª rodada, mas não conseguiu apresentar os resultados esperados e deixou o time no final de junho. Sem conseguir engrenar durante toda a temporada, o FC Tokyo terminou o campeonato J1 em 12º lugar na temporada de 2007.