FC東京的前身東京瓦斯足球俱樂部成立於1935年。這支以東京都聯賽為舞台的球隊，於1986年升格至關東聯賽，首年便取得第4名的佳績。1991年在全國地區聯賽決賽大會中奪冠，升格至JSL二部。自1992年加入JFL後，雖然目睹1993年J聯賽的成立，但自1995年起在JFL中始終保持上位。1997年天皇盃中連續擊敗三支J聯賽球隊，挺進準決賽，展現飛躍；而在JFL最後一個賽季1998年，終於實現夢想，首次奪冠。

球隊名稱改為「FC東京」，並於1999年加入J聯賽二部（J2）參賽，首次參加山崎Nabisco杯即連續擊敗三支J1球隊，晉級四強，佐藤由紀彥獲得新英雄獎。另一方面，聯賽後期雖然苦戰，但仍獲得第二名，確定升上J聯賽一部（J1）。

2000年升上J1後，在第1階段開幕即連勝3場排名第6，第2階段也開幕連勝5場，最終排名第8（全年第7），掀起了「東京旋風」。隔年2001年，主場東京體育場（現・味之素體育館）啟用，3月10日開幕戰擊敗了東京綠茵。之後第1階段排名第9，第2階段排名第8（全年第8），保持中游成績，第二年便在J1確立了穩固地位。賽季結束後，執教球隊7年的大熊清監督卸任，2002年賽季由原博實接任監督。球隊以大熊前監督所建立的「堅持到底不放棄的韌性」、「全力以赴的精神」為基礎，並在原新監督提出的「攻擊足球」理念下，邁入了新的階段。

2002年主力球員接連受傷，1st階段排名低迷至第10名，但在2nd階段因年輕球員的成長與活躍，排名提升至第5名（全年第9名），原監督所追求的攻擊足球逐漸深入人心。2003年因延長賽廢止，提出「90分鐘，攻擊足球」的口號，1st階段以最少失球數創下歷史最佳第4名，接著在2nd階段直到最後都參與冠軍爭奪，以最多得分排名第5名。全年排名也創下歷史最佳第4名。賽季結束後，作為球隊核心貢獻12年的「東京之王」Amaral離隊，為一段歷史畫下句點。

2004年，正如口號「攻激、攻劇、攻擊足球」所示，球隊展現出比以往更具攻擊性的姿態，但由於德國世界盃預選賽及雅典奧運派遣代表球員等因素，戰力未能齊整，J1聯賽全年排名第8（第一階段第6名，第二階段第10名），成績並不令人滿意。然而，在山崎納比斯科盃中，球隊團結一致挺進決賽。儘管上半場有球員被罰下場，但堅持了延長賽的120分鐘，並在點球大戰中擊敗浦和Reds，終於獲得了夢寐以求的俱樂部首座冠軍。

2005年聯賽改為單階段制。以「攻擊取勝，攻擊奪冠」為口號，開幕至第4節一直位居首位，但從第5節開始，經過一場平手後遭遇7連敗。最終排名第10，賽季結束後宣布執教4年的原博實監督退任。2006年，俱樂部迎來首位外籍監督Alexandre GALLO，並以「Ousadia～信任・勇氣・挑戰～」為口號，採用全新戰術迎戰，但因德國世界盃期間中斷時間長且賽程不規則，球隊狀態未見起色，8月解任GALLO監督。從第18節起，將指揮權交給當時擔任FC東京U-18監督的倉又壽雄，但從第20節開始遭遇6連敗，最終以俱樂部史上最低的第13名結束賽季。2007年希望反彈，再次迎回原博實監督，以「It's Our Time～青色疾風、赤色怒濤～」為口號出戰，但聯賽開幕戰失利後，接連敗北，戰況艱難。新加盟的Wanchope（前哥斯大黎加國家隊）至第11節共攻入2球，但未能留下理想成績，於6月底離隊。整個賽季未能順利起勢，J1聯賽以第12名結束2007賽季。